El inicio del Colegio Compañía de María Apoquindo se debió a un  intento de traslado del colegio Buena Enseñanza, actualmente colegio Compañía de María de Seminario, que fue el primer colegio en Chile, desde 1868. Tenía casi  cien años y aunque había sido hermoso con sus patios de palmeras y castaños, el edificio estaba envejecido. Conforme a la época había sido construido con adobe y maderas, las lluvias y terremotos  lo habían dañado.

Se comienza a trabajar para construir un nuevo colegio y trasladarse a las  afueras de Santiago. 

Al mismo tiempo,  religiosas y  alumnas de cursos mayores de Seminario, comenzaron  a ser trasladadas  por el día hasta las nuevas instalaciones, dando comienzo al nuevo colegio de Apoquindo, sin embargo  muchas familias del colegio de Seminario pidieron que no  se cerrara el antiguo colegio, y por otro lado, en el sector oriente se  supo de la noticia de un nuevo colegio, dirigido por  las Hna de la Compañía de María, y comenzaron a llegar nuevas alumnas. Al poco tiempo se tomó la decisión de mantener los dos colegios, respondiendo a las solicitudes de muchas familias por la educación de sus hijas. 

Así nace el Compañía de María Apoquindo.